In insgesamt sieben Dauer- und einer Sonderausstellung werden die Meilensteine der Flensburger Stadt- und Handelsgeschichte aufgegriffen – angefangen bei der Zeit des Walfangs über die sogenannte Westindienfahrt und dem damit verbundenen kolonialen Erbe bis hin zu den beliebten Butterfahrten auf der Förde. Aber auch in allgemeingültige Themen wie dem Schiffbau und das Leben an Bord kann hier im Museum eingetaucht werden.